Jalur mutasi menjadi salah satu mekanisme yang disediakan pemerintah untuk mengakomodasi mobilitas keluarga tanpa menghambat keberlanjutan pendidikan anak.
Pada tahap yang sama, Dinas Pendidikan Jawa Timur juga membuka jalur prestasi hasil lomba. Jalur ini terbagi menjadi prestasi akademik dan nonakademik dengan kuota yang telah ditetapkan sebelumnya.
Melalui jalur tersebut, calon murid yang memiliki capaian prestasi di berbagai bidang mendapatkan kesempatan untuk melanjutkan pendidikan di sekolah tujuan sesuai ketentuan yang berlaku.
Dinas Pendidikan Jawa Timur menegaskan bahwa pembukaan Tahap 2 dilakukan setelah selesainya proses seleksi Tahap 1 melalui jalur domisili yang telah berlangsung sebelumnya.